・時限制限（◯ラウンド後に効果発揮）
・条件制限（1ラウンドだけ、最初に対象に取られた、取った時だけ、相手に命中させた時、回避に成功した時）
・ペナルティ（使うと回避命中抵抗が下がる）

ざっと今思いついただけ書くとこうですね。
ただこれらを例えばガープスのキャラシート作製みたいに調整できるようにするのはおそらく反対が出るでしょうね（私としては定義化されるのはむしろ賛成なのですが）
どのようにバランスとっているか、というのは私は基本的に「メリットにはデメリットがつきものである」「或いはメリットのみなら効果は限定制限されるべきである」「元となる武器種の基本性能との兼ね合いをとる」という方向で作成してます。結局は如何にルールから逸脱しないかで作ってら感じです。指摘が上がるようなやりすぎなアイテム群は、ルール規定の方でもある、「効果が得られやすいなら値は低くするべき」からも逸脱してるものが多い印象です。
「上にも下にも補正が出る」というのはその都度叩き台に上がる事は前提とした話で、基本的にルールの範囲でGM側が好きに作りたい、というものがあると思います。アッパー修正がないというのは結局みんな強くつくろうとするからアッパー補正を提案する人は少ないという話でしょうしね。

以上、優しい口調での回答でした

既に苗さんが大体挙げていますが、強いて他にあるとするならば
【考えられる制限（主観）】
・条件を〈マルチアクション〉に付随させる場合
　ほとんどの場合、1ラウンド目から使用できないため一種の制限にはなります。従ってランクにもよりますが、多少強め（あるいは利便性）があってもよいのかなと。

・特定の属性の付与
　特定の属性が付与されている状態というのも条件の一つかなと。武器に属性が内包されていればこの条件は緩くなりますが「別途加工を求める」「自身、あるいは他者からの魔法などによる付与が必要」などになってくると一つの制限になるかなと。

くらいかなと。

【ペナルティ】
メリット↔︎デメリットの軸は基本は、GM心得を参考にしました。

ただ逸脱しやすい例として（ある種の面白さ）に関して例を挙げるなら

①収録されてない（過去）の武器の類似能力。あるいは購入可能の特殊な武器（首切り刀）などの類似能力
②付与しにくい属性の付与。属性置換
③レベル3、5ではあるが強力な魔法と同等
④重ねがけ
⑤他者へのバフ
⑥回数制限なし
⑦刃武器↔︎打撃武器のスイッチ

で、それらのペナルティとして、単純な回数制限や、ペナルティ以外に僕がよく使うのは
①装備制限（そのラウンドは所持。持ち替え不可。使用後、セッション中使えない）
②そのキャラが最も嫌がるペナルティ（防護型に防護マイナス）
③発動の手順がめんどくさい
④装備圧迫


という感じかなあ。ご参考に。